Francesco Fonti il 5 dicembre del 2012 all'età di 64 anni, ha lasciato la sua vita terrena colpito da un male incurabile.
Negli ultimi anni della sua travagliata vita, della quale gli ultimi diciotto trascorsi da collaboratore di giustizia, più volte aveva asserito che erano in molti coloro i quali desideravano la sua dipartita.